而且，由于节能服务公司的收益来自节能效益分享，并不能一次性收回投入，而是要在项目投运后产生效益的若干年内分次回收，因此还存在提前纳税的问题。由于税务部门把节能服务公司的服务看做是简单的设备销售，因此把节能效益分享看成了设备销售的分期付款。我国的税收制度采用的是权责发生制，在节能服务公司把节能设备安装到客户后就被认定为设备销售已经实现，这样，在节能服务公司为客户实施节能项目后还只刚开始分享节能效益（刚开始回收投资）时，就被认定应立即按合同全额上缴企业所得税。
本来节能服务公司为客户出资做项目已承担了风险，还要将其在节能项目中赚取的服务费按照远高于服务业税率（６％）的增值税率（１７％）去交纳增值税，并且要为尚未得到的收入提前支付所得税，可以说是雪上加霜。
二是节能服务公司融资难。
采用合同能源管理方式运作的节能改造项目，都需要节能服务公司垫付资金，而如果项目很多，垫付的资金量就会很大，节能服务公司就会承受不了，需要进行融资。但是，目前我国的节能服务公司很难通过银行等金融机构为合同能源管理项目融资，其原因主要是：我国的节能服务公司多数属于中小企业，刚刚成立的节能服务公司在金融系统尚未建立起信誉；不像一般的建设项目，节能项目都附属在主流程中，没有独立性，不能形成抵押物；银行等金融机构的信贷评估部门尚不熟悉节能服务公司的业务；由于节能服务公司的业务特点，其大量的投资所形成的资产（设备和合同应收款）存在于其他企业（待分享效益后才能实现），银行等金融机构往往不承认这种资产的实在性，也不认可这种资产作为信誉抵押。由于存在上述问题，国外盛行的以提供综合性节能服务为优势的节能服务公司，在中国生存困难，发展缓慢。
破解难题 建立节能服务产业大军
河北省政协多位专家认为，当前引进、推广合同能源管理意义重大。通过专业化的节能服务公司以合同能源管理方式为客户实施节能项目，可以克服目前众多企业在实施节能项目时所遇到的障碍（诸如项目融资困难，节能新技术的信息障碍，项目技术风险、经济风险和管理风险等），加速实施目前广泛存在于企业中具有良好节能效益和经济效益的项目。更重要的是，基于市场运作的节能服务公司受利益最大化驱使，会千方百计寻找客户实施节能项目，努力开发节能新技术和节能投资市场，从而使自身不断发展壮大，为我国形成一个基于市场的节能服务产业大军。一些省市已经尝试推广合同能源管理模式，对推动节能环保事业，起到了积极的作用。
因此，我国各级政府应当破解难题，建立节能服务产业大军，努力完成节能减排目标和任务：
改革税收制度。让节能服务公司像国外的节能服务公司那样交纳税率水平低很多的服务费税种，也可以像对高新技术企业那样，先在一定的区域内进行示范，再逐步推广。在示范之前，一定要设立由省市政府建立的节能服务认定机构，对企业是否为节能服务公司进行严格的认证（认证的重要标准为：是否在合同中规定以节能效益分享来支付公司的服务费用），防止某些企业浑水摸鱼，借口节能服务偷税漏税。
设立专业化的节能项目担保基金和相应的运作机构。建立、完善以担保基金启动银行贷款的节能融资中介机制。
政府建立节能服务平台。目前，国内企业节能的积极性很高，节能的需求旺盛，但面对还不规范的节能市场，面对纷杂混乱的节能信息，企业无从下手。这就需要构建节能服务平台体系，不仅提供优秀的节能技术和节能设备信息，更重要的是组织一批节能专家为企业进行全面的节能诊断。
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深入专题了解：合同能源管理的优势和难局
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